예, 맞습니다. 연차휴가는 근로자가 원하는 시기에 사용할 수 있어야 합니다. 다만 회사운영에 심대한 지장을 준다면 사용자가 그 시기를 변경할 수는 있습니다.
부서장의 연차사용에 대한 결재는 없다고 하셨는데 사규나 단협상에 연차사용시 반드시 부서장의 결재를 받아야 가능하다는 조항이 있습니까? 그런 조항이 없다면 당연히 연차휴가를 근로자가 원하는 시기에 사용할 수 있는 것입니다. 그런 조항이 있다면 약간의 논란이 있지만 대체로 그 조항의 효력은 인정되는 편입니다. 그러나 실제로 회사에 심대한 지장이 없고 시기변경권고도 하지 않았는데 나중에 이를 결근처리하는 것은 위법일 가능성이 높습니다.

그리고 노조 지침에 따른 것이라고 하셨는데 노동조합이 주장을 관철할 목적으로 집단적으로 연차휴가를 사용하여 회사업무의 운영을 저해했다면 쟁의행위로 보는 경우가 있습니다. 혹시 회사와 협상중이십니까? 연차사용한 규모가 어느정도나 되는지, 회사업무운영이 실질적으로 저해되었는지 등등 종합적으로 고려하여 엄격하게 판단해야 합니다. 만약 쟁의행위로 인정되면 무급으로 처리할 수 있습니다.

그러나 선생님의 경우에는 그 달에 출근한 것으로 임금을 지급했는데 그 다음달에 공제를 한다니 그것은 위법이 될 수 있습니다. 임금은 원래 공제할 수 없는 것이 원칙입니다. 만약 회사가 착오로 과다지급했다면 이를 공제할 수는 있지만 그것이 아니라 못마땅해도 그냥 지급했다면 또는 결근처리가 가능하다는 것을 몰랐다가 나중에 알았다고 해서 이를 다시 다음달 월급에서 공제할 수는 없습니다.