먼저 답변이 늦어 죄송합니다.
회사쪽에서 억지를 부리고 있군요. 회사의 태도는 말씀하신대로 3개월전 평균임금으로 노조전임자 급여를 지급한다는 단체협약의 취지에 맞지 않는다고 생각됩니다. 정당한 파업으로 인해 다른 불이익이 생긴다면 부당한 것이니까요.
그런데 문제는 단체협약 위반에 대한 벌칙규정이 현재 효력이 없다는 것입니다. 작년 12월에 해고절차, 임금, 근로시간, 쟁의행위 등 일정 내용에 관한 단협규정을 위반할 시에는 1천만원 이하의 벌금에 처한다는 노사정위원회 합의가 있었지만 아직 입법화되지 않아 적용되지 않고 있구요.
그리고 전임자 급여는 근로기준법상 임금이 아니기때문에 임금체불로 진정이나 고소할 수도 없습니다.

취할 수 있는 방법은 두가지가 있습니다.
첫째, 노동조합및노동관계조정법 제34조에 의해 당사자 쌍방의 합의에 의해, 또는 단협에 정해진 바에 따라 일방이 노동위원회에 단협 해석과 이행방법에 관한 견해 제시를 요청할 수 있습니다. 그러면 노동위원회는 30일 이내에 견해를 제시해야 하고 이는 중재재정과 동일한 효력을 가집니다. 회사쪽에서 법적으로 문제가 없다고 버티고 있으므로 합의하에 노동위원회에 견해제시 요청을 하자고 해보십시오. 물론 노동위원회에 견새제시요청을 하려면 올바른 답변이 나오도록 준비를 잘 해야 겠지요.
둘째, 민사적으로 법원에 소를 제기할 수 있습니다. 노조전임자 급여로 전임전 3개월 평균임금으로 하기로 사용자와 계약을 한 것이므로 이를 이행할 것을 청구할 수 있습니다.
잘 생각해보시고 또 질문하실 것이 있으시면 글을 올려주십시오.